Ett fartfyllt äventyr om fyra djur från Central Park Zoo i New York som blir skeppsbrutna på ön Madagaskar. Lejonet Alex, zebran Marty, giraffen Melman och flodhästen Gloria har levt sina liv i största bekvämlighet. Men Marty är nyfiken på världen utanför och med hjälp av ett gäng pingviner rymmer han för att gå på upptäcktsfärd. De andra tar upp jakten på honom men plötsligt blir de tillfångatagna och satta på en båt till Afrika!
