Det är i början av 1900-talet. I en liten svensk stad får vi följa familjen Ekdahl som domineras av en rik och begåvad änka samt hennes tre söner. Sonen Oscar driver tillsammans med sin fru Emelie den lokala teatern. Paret har också två barn; Fanny och Alexander.
Då Oscar drabbas av en tidig död, gifter sig hans änka med biskopen i staden och flyttar med barnen till hans spartanska och stränga hem. Där väntar ett helt nytt liv för Fanny och Alexander, fyllt med både sorg, glädje, ljus & mörker.
