I det antika Japan, på en klippa vid havet, bor pojken Kubo. Den streetsmarte och godhjärtade rackarungen lever ett enkelt liv, och förgyller tillvaron för byns övriga invånare genom att berätta sagor med hjälp av papperskonsten origami. Tillvaron slås dock i spillror när Kubo av misstag väcker en ande från det förgångna till liv. Anden har hämnd att utkräva, och för att stoppa den slår Kubo sig ihop med den stentuffa Monkey och den något udda insekts-samurajen Beetle.