Burton har tidigare deltagit som en jurymedlem 1997 och satt dessutom i kortfilmsjuryn 2006.
The Hollywood Reporter skriver att Burton är överlycklig för uppdraget.
Enligt festivalens chef Gilles Jacob blir det första gången som jurypresidenten har ett ursprung i animationen.
Filmfestivalen i Cannes anordnas i år mellan den 12-23 maj.