När en oidentifierad, främmande rymdvarelse förstör tre kraftfulla klingonkryssare återvänder kapten James T Kirk till den nyligen ombyggda U.S.S. Enterprise för att ta kommandot. Leonard Nimoy, DeForest Kelley och de andra från den ursprungliga tv-serien Star Trek mobiliseras med warp-hastighet för att stoppa inkräktaren som obarmhärtigt närmar sig Jorden.