Keiichi Maebara flyttar från storstaden till den lilla avlägsna byn Hinamizawa på den japanska landsbygden. En plats som till en början verkar vara den mest fridfulla, problemfria och vackraste platsen på jorden. Keiichi börjar i en ny skola och blir snabbt vän med en grupp tjejer i sin klass och lär snart också känna de övriga invånarna i byn. Men snart börjar märkliga saker inträffa och Keiichi inser att något inte står rätt till med byn och dess invånare. Hinamizawas mörka förflutna att göra sig allt mer synligt och påtagligt. Keiichis nya vänner börjar förändras, han hittar en nål i sin matlåda, jagas plötsligt av mystiska män och råkar ut för en olycka som nästan kostar honom livet. Detta är bara ett smakprov på vad som komma skall.
